对于这些运司，朱载坖认为也要加以改革，首先就是运司辖区的调整，两淮、长芦、河东、两浙作为现在大明主要的食盐产区，自然是要设立都盐运使做为管理盐政的衙门，而四川相对特殊，首先四川的井盐供应西南，地位极为重要，而且除了盐之外，还有茶叶，也是朝廷禁榷的物资，要用于和乌斯藏都司和朵干都司交易马匹，以资军用的，还有就是云南的盐井，也一道纳入四川盐茶都转运使的管理范围。
而产量相对较少的广东、福建、山东三个产区，则设立盐运使，灵州盐池则划归河东都盐运使代管，将所有的盐场都设立专门的机构，同时厘清盐运和盐政的职权关系。
在朝廷的官僚体系当中，总理盐政衙门作为朝廷在中枢的盐政机关，也是大明盐政的最高管理机关，以户部左侍郎兼任，负责领导全国各都盐运使、盐运使、盐法道等与盐政有关的事项，而各都盐运使、盐运使等作为地方盐务机关，主要是负责盐引的发放，盐课的征缴与转运，还有从灶户手中征收手中征收的正额盐课和余盐的转运。
之前大明的食盐销售实行的事商运商销，也就是就场征税，核心是民制、官收、官卖、商运、商销，但是后来由于朝廷无力控制食盐的生产，实际上所谓的官收、官卖成为需要，所以朱载坖认为，这次盐政改革的主要目的就是加强朝廷对于食盐生产的控制，重新掌握盐场和灶户，由朝廷掌握食盐的生产环节。
运司衙门不再直接管理灶户，由总理盐政衙门派出盐政分司衙门，与都盐运使和盐运使衙门的辖区一致，盐政分司专司管理灶户，由盐政分司衙门负责管理盐场和灶户，直接控制食盐的生产，盐场所属荡地等都收归朝廷所有，不得侵占，灶户办盐所需要的各种工具、燃料等也由朝廷所保障，灶户办盐所需工本也要列入预算，根据各盐场实际所有的灶户，编列工本预算，制定食盐的产量计划，盐政分司衙门直接负责食盐的生产与征解，商人不得插手。
商人只和运司打交道，也不和盐政分司打交道，盐政分司主要是负责恤灶，收购食盐，考成盐课的，盐政衙门将所属盐场所生产的食盐征购之后，统计数量，行文运司衙门，各运司衙门根据盐政
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